Khoa Toán kinh tế được thành lập năm 1968, trên cơ sở Bộ môn Toán kinh tế đã được thành lập năm 1962. Trong suốt gần nửa thế kỷ qua, Khoa đã tham gia đào tạo cho tất cả các sinh viên, học viên của Trường Đại học Kinh tế quốc dân, cũng như trực tiếp đào tạo chuyên ngành gần 2000 Cử nhân, hàng chục Tiến sĩ, Thạc sĩ cho đất nước.
Khoa Toán kinh tế hiện có ba bộ môn và một trung tâm, là Bộ môn Toán kinh tế, Toán cơ bản, Toán tài chính và Trung tâm Xử lý dữ liệu kinh tế xã hội và Dự báo, với đội ngũ giảng viên hơn 50 người. Khoa trực tiếp đào tạo bậc đại học hai chuyên ngành là Toán kinh tế và Toán tài chính, đào tạo bậc Thạc sỹ và Tiến sỹ chuyên ngành Điều khiển học. Trước năm 2002, bộ môn Tin học kinh tế trực thuộc khoa, nay đã tách thành khoa Tin học kinh tế.
Bên cạnh đào tạo các chuyên ngành, khoa Toán kinh tế đảm nhiệm việc giảng dạy các môn học cơ bản cho khối ngành Kinh tế và Quản trị kinh doanh, là các môn Toán cao cấp, Lý thuyết xác suất và thống kê toán, Kinh tế lượng, Mô hình toán kinh tế. Khoa cũng tham gia đào tạo bậc sau đại học cho các chuyên ngành khác các môn Lý thuyết mô hình toán kinh tế, Kinh tế lượng và phân tích dữ liệu. Hệ thống giáo trình, bài giảng do các giảng viên của khoa biên soạn đã trở thành các tài liệu chuẩn cho các trường đại học khối Kinh tế và quản trị kinh doanh, và thường xuyên được cập nhật, đổi mới.
Khoa Toán kinh tế cũng tham gia hợp tác đào tạo với trường đại học quốc tế, cũng như thực hiện các khóa đào tạo ngắn hạn theo chuyên đề. Bên cạnh công tác đào tạo, khoa Toán kinh tế thường xuyên có các hoạt động nghiên cứu khoa học, kết hợp với các đơn vị trong và ngoài nước thực hiện các dự án, đề tài.
Vì những thành tích đã đạt được, khoa Toán kinh tế đã được trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba, bằng khen của Thủ tướng chính phủ.
Các thế hệ giảng viên của khoa đã có một Nhà giáo Nhân dân, ba Nhà giáo ưu tú, năm Giáo sư.